ปุ๋ยอินทรีย์ คือปุ๋ยที่ได้จากสารอินทรีย์หรือวัสดุอินทรีย์ที่ทำขึ้นโดยกรรมวิธีต่างๆ เป็นต้นว่า การบด การสับ การร่อน การหมักบ่ม การสกัด หรือด้วยกระบวนการอื่นๆ ซึ่งจำต้องผ่านขั้นตอนเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพด้วยย่อยสลายของจุลินทรีย์ก่อนที่จะนำไปใช้ต่อพืชต่อจากนั้น
ปุ๋ยอินทรีย์ มีความสำคัญต่อการพัฒนาที่ดิน พร้อมทั้งให้ธาตุอาหารแก่พืชพันธุ์ ก็เพราะว่าประกอบด้วยอินทรียวัตถุ พร้อมทั้งแร่ต่างๆที่จะทำให้พื้นดินมีสภาพดีขึ้น พร้อมกับช่วยให้พืชพันธุ์เจริญเติบโตได้อย่างเหมาะสม ไม่ว่าจะเป็น ฟอสฟอรัส โพแทสเซียม และแร่ธาตุอาหารอื่นๆ คุณสมบัติที่ดีอย่างหนึ่งในปุ๋ยอินทรีย์ช่วยให้ความเป็นกรดเป็นด่างของก้อนดินมีความเหมาะสมต่อการเจริญของพืชพันธุ์เพิ่มมากขึ้น รวมถึงช่วยในการดูดจับแร่ธาตุอาหารไว้ในดินได้มากขึ้น จึงทำให้ได้พืชผลที่ดีขึ้นในระยะยาว พร้อมด้วยเสริมความสามารถในการย่อยสลายอินทรีย์วัตถุในดินให้ดีขึ้นจากจำนวนรวมจุลินทรีย์ในดินที่เพิ่มขึ้น
ปุ๋ยอินทรีย์ ก็มีหลายชนิด
1. ปุ๋ยหมัก คือปุ๋ยที่ได้จากการหมักซากต้นไม้ ซากสิงสาราสัตว์ รวมทั้งของเสียสัตว์
2. ปุ๋ยพืชสด คือปุ๋ยที่ได้จากต้นพืชในแปลงไร่นาที่ปลูกให้เจริญเติบโตจนกว่าระยะที่เหมาะสมในการไถกลบลงดินขณะที่พืชพันธุ์ยังยืนต้นอยู่ เพื่อเพิ่มอินทรียวัตถุหรือธาตุอาหารให้แก่ดินจาการเน่าเปื้อย และย่อยสลายหลังการไถกลบ และเป็นการเพิ่มปริมาณธาตุอาหาร และเชื้อจุลินทรีย์ให้แก่ดินโดยตรง
3. ปุ๋ยคอก คือปุ๋ยที่ได้จากมูลของสัตว์ ไม่ว่าจะทั้งในรูปของเหลว และของแข็งที่สิงสาราสัตว์ขับถ่ายออกมารวมถึงน้ำล้างคอก เศษฟาง และวัสดุรองคอกที่รวมกันกับมูลสัตว์ ปุ๋ยชนิดนี้ ไม่จำเป็นต้องเตรียมให้มีขนาดเล็ก เนื่องมาจากถูกย่อยจากตัวสัตว์มาแล้ว ถือเป็นปุ๋ยฮิวมัสที่ประกอบด้วยอินทรีย์สาร พร้อมทั้งจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์จำนวนมาก ทั้งนี้จะมีมากหรือน้อยจะขึ้นอยู่กับประเภทของสัตว์ พร้อมด้วยอาหารที่สัตว์กิน ปุ๋ยคอกที่นิยมนำมาใช้มากในปัจจุบัน